Одной из задач, стоящих перед Управлением Россельхознадзора, является обеспечение эпизоотического благополучия на территории Санкт-Петербурга, Ленинградской и Псковской областей.

Псковская область сегодня - стационарно неблагополучный регион по бешенству животных. В январе 2020 года в АНО «Зооприют «Добрый» был выявлен антиген вируса бешенства в пробе головного мозга собаки.
Гдовский район Псковской области имеет статус «неблагополучный» по африканской чуме свиней. Однако в 2019 году в регионе не отмечено случаев заболевания диких и домашних свиней данной особо опасной болезнью животных.
В декабре 2019 и в январе 2020 года на территории Псковской области зарегистрированы очаги оспы овец. Указом губернатора Псковской области введен карантин и определены эпизоотические очаги в крестьянско-фермерском хозяйстве в деревне Пошитни Пушкиногорского района и селе Подоклинье Дубровенской волости Порховского района, обозначены угрожаемые зоны в радиусе 10 км от неблагополучного пункта. Ведутся мероприятия, направленные на предотвращение распространения и ликвидацию очагов оспы овец и коз.
В рамках выполнения плана государственного эпизоотического мониторинга должностными лицами Управления Россельхознадзора по Санкт-Петербургу, Ленинградской и Псковской областям для проведения лабораторных серологических исследований на опасные заболевания животных отбираются пробы сыворотки крови крупного рогатого скота и свиней.
В 2019 году сотрудниками управления отобрано и направлено в ФГБУ «ВНИИЗЖ» 438 проб биологического материала для исследований на африканскую чуму свиней (Ленинградская область – 223, Псковская область - 215), в ФГБУ «Ленинградская межобластная ветеринарная лаборатория» - 1275 пробы (Санкт-Петербург – 30, Ленинградская область – 915, Псковская область – 330). Результаты данных исследований отрицательные.